杂种后代的表现取决于亲本的优劣，一般来说，性状优良的亲本才能产生性状优良的杂种后代，因此正确选择亲本是杂交成败的关键。但由于各地的品种资源状况和对新品种的要求等不尽一致，因此不可能用一个统一的标准或模式，而只能根据下面的原则来选择杂交亲本。
1. 根据育种目标选择亲本。育种目标不同，所选择的亲本也应不同。但不论确定怎样的育种目标，所选择的亲本都应当是综合改善比较优良，具有达到该目标的优良特性。例如要培育特早熟品种，就应当选早熟品种作亲本，而不能选用中熟或晚熟品种作亲本。
2. 尽可能选种子具单胚性的品种作母本。单胚种子只具有性胚，由其产生的后代都是杂种，因而遗传变异丰富，为选育优良品种提供了充分的机会。如以多胚种子的品种作母本，则因无性胚占优势，获得杂种的可能性很小。因此，在有条件的地方，都应尽是选用单胚品种作母本。在没有单胚品种时，也可以选择胚数少的品种作母本，以提高杂种的获得率。
3. 选择系统发育历史短的品种作亲本。一个品种系统发育历史的长短是指该品种从产生直到今天所经历的时间长短。一般，系统发育历史短的品种，其遗传的可塑性较大，通过杂交容易获得杂种，如锦橙、改良橙、新选育的品种或杂种等。
4. 根据品种的亲缘关系选择亲本。采用亲缘关系相对较远的品种间杂交较易获得杂种，如桔、柑、橙、柚之间相互杂交，都容易得到杂种。如亲缘关系太远，杂种获得率低；如近亲品种杂交，后代生活力下降。因此，一般情况下都不采用。
