温州蜜柑有众多的品种品系，为一庞大的品种群，一般以树体特性及果实性状，将温州蜜柑分为两大类群，一类叫早熟温州蜜柑，另一类叫普通温州蜜柑。前者的特点是树势弱，树冠小，枝条短密呈丛状，果实成熟早，囊衣薄，酸度低；后者的特点是树势强，树冠大，枝粗长，较稀疏，叶片肥大，果实成熟较晚，囊衣较厚，化渣较差，含酸高，风味较浓。
因此，温州蜜柑的选良种目标，从品种群的角度出发，应该是选育特早熟、特晚熟，抗寒，抗病，优质高产及其它特殊类型；从群体内看，早熟温州蜜柑类型应选育树势强，高产稳产，风味浓，耐贮运及日灼、裂果少的类型。普通温州蜜柑，则侧重于选育高产稳产，肉色深，风味品质好，囊衣薄，化渣，有香气，耐贮运的类型。
