农药使用后，残存的农药主要在农副产品和环境中，其危害也就在这两方面。
⑴ 对农副产品的危害。大多数农药按照推荐的剂量、施用方法和时间、次数，农副产品中农药残留量不会超过国家规定的标准，即不会产生危害性。但是事实上农药残留量超过标准（即允许的量）仍时有发生，其原因：①未按规定施药，造成农药过量残留；②农药残留量为农药原体及其有毒代谢物和杂质的总残留量；③残留农药可以通过食物链富集到农畜产品中。
⑵ 对环境的危害。喷洒的农药除部分落到作物或杂草上，大部分是落入田土中或漂移落至施药区以外的土壤或水域中。这些残留农药是农药的贮存库和污染源，可以被作物根系吸收，可逸失大气中，可被雨水或灌溉水带入河流或渗入地下水。在水中溶解度较大的农药，更易被雨水淋溶而污染地下水。有的地区地下水温低、微生物活动弱，被渗进来的农药分解缓慢。
残存在土壤中的农药，还可能对后茬作物产生药害。
